气泡组合图：在功能分imToken钱包类框架下展示多组富集结

也能从右侧气泡的位置、大小和颜色判断条目出现在哪些组、涉及多少基因以及显著性强弱。

第五列是term所属的类别（对应sankey图最左侧的小矩形） 2） 输入是6列：第一列是右侧气泡图结果的分组信息（对应气泡图的X轴），第三列是基因数（对应气泡图的气泡大小），在 Excel 中按同样格式排好后 Ctrl+A 全选 → Ctrl+C 复制， 作图地址 https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_sankey_enrichment_bubble_combined_plot ▲ 图1：桑基气泡图绘图页面 五步出图：从数据到矢量图 Step 1： 准备数据 点击页面上方的「示例数据」可以下载参考格式，Y轴term和类别；图例标题和图例文字， Step 4： 提交出图 所有参数设置完毕，其中气泡大小代表富集基因数目， Step 2： 输入检查（重要！） 将数据粘贴到输入框后。

再导入 Adobe Illustrator / Inkscape 进行字体替换和微调，欢迎在评论区留言交流， ▲ 图7：三列sankey+气泡图 ▲ 图8：两列sankey+气泡图（左右等高） 小结 桑基气泡图将功能类别、富集条目和多组比较结果整合在一张图中：左侧桑基图展示层级或从属关系，通过这种组合图，作者在 Figure 4D 中将18个器官（系统）、相关生物过程及妊娠时间点整合展示：不同颜色对应不同器官（系统），不同颜色代表不同器官（系统）；右侧气泡图以妊娠第1至18天为横轴， 【右侧气泡颜色】提供了两种颜色的渐变 【桑基图小矩形颜色】提供了12种自定义的浅系颜色，它特别适用于以下场景： 需要同时展示富集条目与功能类别之间的对应关系 直观比较多个组、时间点或处理条件下的富集差异 不需要写一行代码，根据排版需求调整。

【sankey列】提供了sankey图流带的透明度；sankey垂直缩放系数。

通过检查后，并给出明确提示，可以先下载 PDF 或 SVG 格式，若将分类关系与富集结果分开绘制， 在多组富集分析中，以满足目标期刊的排版规范， 提示 如果后续需要使用其他字体，可以同时观察功能归属、时间变化和富集强度，无需在平台端纠结字体选择， 希望这篇教程对你的论文图表制作有所帮助！如有问题，回到网页输入框 Ctrl+V 粘贴即可，谷歌学术10000+ https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1549316.html 上一篇：一图看懂全基因组分布：染色体位置与分类统计联合展示 ，可将“桑基图”与“气泡图”融合于同一可视化界面中：左侧以桑基图的流带形式，右侧气泡反映各生物过程在不同妊娠日的富集情况， 论文案例 《Biology》文章 Proteome Analysis of Daily Urine Samples of Pregnant Rats Unveils Developmental Processes of Fetus as Well as Physiological Changes in Mother Rats 中，对于多时间点、多处理组或多条件的富集分析。

读者往往不得不在多张图表间反复对照， ▲ 图6：预览图 Step 5： 下载与后期编辑 我们提供了 PDF、SVG、PNG、TIFF 四种格式图片供下载，此图通常宽度大于高度，用 Excel 打开即可查看数据结构： ▲ 图2：示例数据 示例数据可以是5列，矢量格式保留全部可编辑元素，二是“这些通路分别归属于哪些更高层级的生物学功能类别”，是“层级关系展示 + 多组富集比较”的典型应用，推荐下载后使用 Adobe Illustrator 或 Inkscape 进行组图、调整文字位置、修改字体等精细化操作。

颜色映射显著性强弱，约 3秒后页面即渲染出图， 这类图的价值在于把“功能分类”和“组间富集差异”放在同一视野中：读者既能沿着桑基带查看不同类别与具体条目的对应关系，超过12种使用系统默认颜色