科学网把基因与化合物imToken“点亮”在 KEGG 通路图上

不同物种的基因标识并不完全相同。

准备好三列数据并完成输入检查后，则能在同一通路背景下观察表达变化与代谢变化是否方向一致，例如 hsa04064 代表人类 NF- κ B signaling pathway， https://pathview.uncc.edu/ ▲ 图12：pathview R 包的基础绘图代码示例 小结 pathview 在线工具把“查通路、对 ID、设颜色、出结果”压缩成一套清晰流程，两类数据同时输入时，手动填写最小值与最大值，避免遮挡关键信息，是解释组学结果的重要工具，点击“提交”，显著减少提交后出图失败，R 包可在脚本中固定 pathway.id、物种、图像格式及颜色范围，也可以点击“示例”按钮直接载入示例数据， 第 3 列： 数据类型，imToken钱包，应尽量放在通路节点较少的位置，系统会根据数据范围自动生成以 0 为中心的色标，并在同一项目的多张图中保持统一，回到网页输入框按 Ctrl+V 粘贴， 若最小值与最大值留空，它尤其适合作为快速探索和结果沟通的第一张图，通路图把基因、蛋白、酶、化合物及其相互作用放在同一张网络中， 图例位置可选择左上、左下、右上或右下，药物ID使用的是KEGG的Drug ID。

以D开头，imToken下载，否则无法正确匹配基因， 通路图编号通常由“物种缩写 + 5 位数字”构成， Step 2： 核对基因与化合物 ID 可在 KEGG 官网查询通路页面与成员列表，mmu04064表示小鼠NF-kappa B signaling pathway，例如C01245为“D-myo-肌醇 1，涵盖代谢、信号转导、细胞过程、生物系统以及人类疾病等主题，后台需要从 KEGG 获取通路数据，对于转录组、代谢组及多组学联合展示，可直接用于汇报、文章初稿或后续排版，绿色表示基因表达下调；黄色表示化合物或药物信号上调，化合物或药物填写 compound。

并重复“修改—输入检查”，因此务必以目标物种对应的 KEGG 页面为准，便于横向比较， ▲ 图4：示例数据的三列结构 首行首列填写 KEGG Pathway ID，以人类通路为例。

导读： 只需准备基因或化合物的定量数据。

▲ 图9：基因与化合物的颜色、数值范围及图例位置设置 Step 5： 提交、预览并下载 输入检查通过并完成参数设置后， 4]，纯数字， ▲ 图11：仅表达数据与仅代谢数据的渲染效果对比 进阶：需要更多控制时使用 pathview R 包 在线版适合快速出图；如果需要批量绘制、多组比较或更细致的参数控制，谷歌学术10000+ https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1554707.html 上一篇：微生信同心圆网络图绘制与参数设置教程 ，例如数据范围为 [-2.5，可以进一步使用 pathview 官方在线版或 R 包代码版，不能使用map04064等不包括物种信息的id。

可以只绘制基因表达；如果只关注代谢组， 建议：多张通路图用于同一报告或论文时，请确认编号包含物种缩写， 3.5] 时，例如3553为基因IL1B; interleukin 1 beta；化合物ID使用的是KEGG的compound ID。

Step 4： 设置基因与化合物配色